最新二代健保費率:2.11%。
有應扣二代健保所得項目，要在給付日次月底前自行列印繳款單繳納，隔年1月年度申報。
若沒有及時繳納及申報，超過時間會加計滯納金，每逾1日加收稅金0.1%滯納金，最高15%。
下表為二代健保應扣的所得項目:
補充保費也有其因該要扣取的上下限金額。
下表為二代健保網站操作畫面與連結網址。
一般建議客戶選取，免憑證「補充保險費繳款書列印」，因為使用憑證他是採取先申報在繳納，人數不多在10人以下建議採取免憑證會比較方便，因為若有錯誤要修改系統會很麻煩。
二代健保的使用憑證跟勞健保的登入系統不一樣，是各自獨立系統，若是想要採每月申報繳納，健保卡與自然人憑證不一定要用負責人的。
申報方式一般是採平時列印繳款書繳納，然後在隔年度一月申報整年度的二代健保，若整年度沒有扣取繳款書可不申報，但只要年度中有一張繳款書就必須年度申報，另外若採每月申報每月繳納者不用年度申報。
上面主要談的扣費對象是人，下面來談談公司的部分，就是公司必須負擔的部分。(若僅有負責人，未請員工可免計算繳納)
公司另外有一個「投保單位補充保費」，只要所有薪資總額-受雇者投保金額總額=有餘額就必須*2.11%繳納。
另外投保單位補充保費只要列印繳納，不用年度申報。
另附上最新二代健保講義有興趣研究者可以參考: (每年稅率有可能會變動)